舞台は、第二次世界大戦以降現実世界とは異なる歴史をたどり、軍隊も存在する架空の日本（時代は不明ながら、現実の昭和40年代に近い雰囲気を持つ）。
とある地方に位置する巨大な企業城下都市・大伴（おおとも）市で、官僚・政治家・女優らが突然不慮の死を遂げる事態が立て続けに発生。
当局が事故と発表したにもかかわらず、人々は現場で目撃されたドクロの仮面をかぶった怪人・“骸骨男”の仕業だと噂していた。
この噂と事件にスクープのニオイを嗅ぎつけたトップ屋・御子神隼人（みこがみ はやと）は、生まれ故郷でもある大伴市に7年ぶりに足を踏み入れる。
かつては“神楽”という名の山村に過ぎなかったが、ある時に国家的大企業・大伴グループが進出。
その拠点としてからは過去を消し去るかのように大規模に開発され、今や“影の首都”とまで呼ばれる程の発展と事実上の治外法権まで獲得するに至ったこの街で、隼人は出合った直後、ひょんなことから無理矢理彼の“相棒”となった見知らぬ少女・間宮霧子と事件を追っていく。
果たして大伴市を襲う事件の真相とは? そして“骸骨男 － スカルマン －”とは一体何者なのか?